自古以來，靈芝就有“仙草”、“瑞草”、“瑤草”、“還陽草”等美稱。
我國傳統醫學長期以來一直把靈芝視為滋補強壯、固本扶正的名貴中草藥。當年，秦始皇為了長生不老，派徐福帶領三千童男、童女去東海瀛洲蓬萊仙閣尋找具有“不死仙草”之稱的靈芝，《白蛇傳》和各種各樣的神話故事、武俠小說都將靈芝喻為能使人“起死回生”的仙草。
那么，靈芝是草嗎？答案是：No！它似草卻并不是草。所謂“靈芝草”，其實是一種真菌，屬多孔菌科。現代生物學將其歸屬于菌物界。我們的古人也認識到靈芝不同于一般有根、莖、葉、不開花的植物。
《禮記注疏》記載有“無花而生日芝木而”；《爾雅注疏》記載“三秀(芝別名)無根而生”。但由于古時人們將世上的所有植物簡單地分為兩大類：一類是木本，另一類則是草本。因靈芝不能劃分到木本類，就劃入草本類了，故稱之為“靈芝草”。
千百年來這種叫法，一直延續至今。認識的過程是個不斷深化的過程，隨著人類對自然界中生長的各生物種類的認識不斷深入，瑞典人林奈于1753年首先建立了生物分類學。
最初將靈芝劃分在植物界中，但經過對真菌類的深入研究，發現它與動物、植物及細菌等生物不僅有許多相同的特征，而且有著明顯的差異，因而將它由植物界中分出來，與地衣等合稱為菌物界；靈芝則隸屬于真菌門中的一個屬的代表種。
現在對靈芝屬的分類，在鄧叔群著《中國的真菌》(1963)一書中，靈芝屬劃在多孔菌科內，即：植物界、孢子植物、真菌門、擔子菌綱、多孔菌目、多孔菌科、靈芝屬；在趙繼鼎等著的《中國靈芝》(1973)一書中，則將靈芝、假芝等屬組合成靈芝亞科，即：擔子菌綱、多孔菌目、多孔菌科、靈芝亞科、靈芝屬；在邵力平等著的《真菌分類學》(1984)一書中，靈芝屬在真菌門中5個亞門、18個綱、68個目中的分類位置是：真菌門、擔子菌亞門、層菌綱、非褶菌目、靈芝菌科、靈芝屬。
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