在所有食用菌中，金針菇是栽培品種和野生品種差別最大的種類，沒有之一。野生香菇和人工栽培香菇很像，野生黑木耳和人工栽培黑木耳很像，但野生的金針菇和人工栽培的金針菇很不像。
野生金針菇
野生的金針菇又矮又胖，橙色到紅棕色的大腦袋有點粘滑、橡膠狀，深褐色的小短腿，毛茸茸的；相比之下，日常食用的白色金針菇儼然一代“白富美”。野生金針菇喜歡低溫，常在秋季和冬季被發現，所以金針菇又被稱為“冬菇”。
關于人們對栽培金針菇的嘗試，據說中國唐代就有把“構木”埋于地下，不時澆水保持濕潤，很快就能出菇的記載，后人考證認為這可能就是金針菇栽培方法，只可惜該法沒有被重復培植出來，也無法用于規模化生產。
用現代方法規模化栽培金針菇的技術發源于日本。1928年，長野縣的一個初中生物教師為了教學，發明了用瓶子栽培金針菇的方法，到1965年，商業化生產金針菇的瓶栽工藝流程完全成熟了，即目前的金針菇工廠化瓶栽生產方式。
早年用于栽培金針菇的菌種都是從野外分離的，渾身金黃，是名副其實的“金針菇”。但由于消費者喜歡淺色的金針菇，于是該菌被安排在避光條件下生產，以降低色澤程度。
直到1988年，日本北本豐教授進行了一次金針菇品種雜交試驗，獲得了通體潔白的金針菇菌株，這令人十分驚喜。該菌株被命名為M-50，隨后被迅速運用于金針菇工廠化生產。
由于消費者較習慣于金針菇這個名稱，且金針菇也是中文學名，不能隨便修改。雖然有白色的品種被選育出來，還只在名字前面加上了一個修飾詞，稱為白色金針菇，并沒有改名叫銀針菇，這就是白色金針菇的由來。
目前，我國適合工廠化栽培的白色金針菇品種還是來自國外，這成為了中國食用菌種業的一個“卡脖子”痛點，中國科研人員還要不斷努力喲！
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