雙孢蘑菇播種后到覆土之間這段時間稱為發菌期，發菌期又分為前期和中期和后期。
一 前期
播種1-7天為前期，此階段主要是菌絲萌發定植階段，如果料內有問題，菌種質量差、播種不得法、管理不善等易造成菌絲不萌發，或者菌絲萌發后不吃料而死亡。故又稱危險期。此期間管理分兩個階段：
1、1-3天內管理：為促使菌種盡快恢復后萌發出新生菌絲，應以保濕為主換氣為輔，保證料面濕潤，以利菌絲萌發。室溫控制在26-28℃，空氣相對濕度為80%左右，料溫控制在30℃以下。
2、3-7天：正常情況下菌種已經萌發齊全，開始定植吃料。此階段以換氣為主，少通風為輔，促使菌絲封面吃料盡快戰領料面，減少雜菌，多換氣，經常保持菇房空氣清新，室溫控制在25-26℃，相對濕度為75-80%，料溫在28℃以下。
3、注意事項：
（1）注意料溫 如果料溫回升到30℃以上，則需要及時在料面打孔透氣，
降溫。
（2）檢查有否漏播和不發菌 漏播及時補種。不萌發的查明是否料的原因或
種的原因，及時針對處理。
（3）雜菌檢查 此階段的雜菌一般是毛霉、白色石膏霉和木霉，毛霉和白色石膏霉用可用食醋涂刷，木霉則用石灰水處理。
（4）蟲害檢查：仔細觀察有否害蟲，及時發現及早處理。
二 中期
1、播種后7-12天，為料內發菌吃料期，又稱發菌中期。此期間是菌絲吃料、縱橫生長期，亦稱為發菌關鍵期。為使菌絲發快發壯，主要管理措施以小通風為主、大通風為輔的原則進行。室溫控制在24-25℃，空氣相對濕度控為75%左右。
2、此期間注意常出現的情況是菌絲生長停滯或長勢無力，原因一般有五種：
（1）培養料碳氮比失調：一般氮肥過多，或者堆制時翻堆不均勻，料的下層有氨氣產生，抑制了菌絲向下生長。特別是采用雞糞作主要氮肥的培養料，經常發生此種情況。處理方法：輕者料反面打扦，加強通風，重者可以向料內噴施1-2%的葡萄糖水溶液。
（2）培養料太濕，料中缺氧，料內菌絲出現束狀像菜根一樣條條向下伸長，絨毛菌絲停在料面或者消失。處理方法：料內縱橫打大而密的扦洞，加強通風，促進培養料排濕。
（3）培養料太干，菌絲纖細暗淡，生長無力。處理方法：視料的干燥程度噴或者淋0.5-1%的石灰水澄清液，特別干燥時可以在料面打小孔，淋補石灰清水，然后大通風，補足料內水分。
（4）檢查蟲害：如料內菌絲凌亂、部分消失，有特殊氣味，則用玻璃片或者鏡片遮蓋料面，2分鐘后取下玻璃片，仔細觀察接觸培養料的那面是否有螨類緩慢爬行。如有發現螨類可用磷化鋁處理，效果很好。
（5）雜菌病害檢查，如果料內有橄欖綠霉或者小菌核病，此兩種病害一般出現在料的下層，嚴重抑制蘑菇菌絲生長，培養料會變得疏松，較粗的菌索。處理方法：等量式300倍波爾多溶液或者100倍的施耳康直接噴施于患區，
三 后期
播種后12-20天為培養料發菌后期，又稱為覆土準備期。此階段是養壯料內菌絲為覆土打好基礎。因此以通風為主，室溫控制在22-24℃。空氣相對濕度70% -75%。加大通風量使料面干燥，減少料面雜菌孳生，保障覆土調水安全，抑制料面菌絲繼續生長，保護料內菌絲活力
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