省農科院歷史沿革可以追溯到1912年。1912年，民國政府在昆明創辦了省農事試驗場，在蒙自草壩成立現代農業試驗所，并建設了我國第一口農村沼氣池。1938年云南成立稻麥改進所和茶葉改進所。1940年省農事試驗場并入稻麥改進所。1950年新中國成立后省政府組建了云南省農業試驗站。1958年西南農業科學研究所與云南省農業試驗站合并，成立云南省農業科學研究所。1976年，撤銷云南省農業科學研究所，成立云南省農業科學院。目前省農科院是省政府直屬的多學科、綜合性、公益性的農業科研機構，承擔著云南省全局性、關鍵性、戰略性重大農業科技問題的研究和創新任務，以及緊緊圍繞服務“三農”這一根本任務，全力抓好科技創新與成果轉化工作，為云南糧食安全、特色農業產業發展、農業生物資源開發、科技扶貧及生態安全作出了重要貢獻。
全院下設糧食作物、經濟作物、園藝、花卉、生物技術與種質資源、農業質量標準與檢測、農業資源環境、農業經濟與信息、藥用植物、農產品加工、國際農業、高山經濟植物、熱帶亞熱帶經濟作物、甘蔗、茶葉、蠶桑蜜蜂、熱區生態農業等17個專業研究所，其中昆明有11個研究所，其他6個研究所分布在楚雄、保山、紅河、版納、麗江等5個州（市）。全院學科發展涵蓋了種植業主要農業產業和相關農業科研領域。“十一五”期間，根據農業部對全國1058個獨立運行的地市級以上農業科研機構科研綜合能力評估結果，我院有6個研究所進入全國100強。
“十二五”以來，我院獲省部級以上科技獎勵72項，其中國家科技進步二等獎1項；通過國家和省級審（認、鑒）定、登記農作物新品種236個，國審品種數占全省的100%；新品種保護授權70項、專利授權195項。截止目前，在職職工1671人，在職專業技術人員1315人，其中正高級人員224人，副高級人員429人。新世紀國家百千萬人才4人，云南省科技領軍人才（院士后備人才）2人，國家科技創新領軍人才1人，“云嶺學者”2人，云南產業技術領軍人才9人。引進9名院士專家合作設立院士工作站，院內35名專家獲準設立38個專家基層工作站。云南省學術技術帶頭人和技術創新人才115人，省委聯系專家23人，省級團隊10個，農業部團隊3個，全國農業科研杰出人才3人，引進高端科技人才（含海外高層人才）10人。全院29名專家擔任國家農業產業技術體系崗位科學家和綜合試驗站站長，48名專家擔任省農業產業技術體系首席科學家和崗位專家。擁有國家觀賞園藝工程技術研究中心等科技創新平臺173個，其中國家級平臺67個，省級平臺106個。
“十三五”是我省全面深化改革、加快轉變經濟發展方式的攻堅期，是國家實施創新驅動發展戰略和云南實施創新型云南行動計劃的關鍵時期，是云南省推進“兩型三化”發展和推進高原特色農業現代化、全力建設八大產業的攻堅時期。省農科院將始終堅持科研立院、人才強院、服務興院、開放辦院、依法治院的方針，秉持“篤耕云嶺、致惠民生”院訓與農科精神，認真貫徹創新、協調、綠色、開放、共享的發展理念，按照省委省政府相關要求，緊緊圍繞全省發展的新目標新定位新要求，始終堅持以科技創新為中心，深刻把握全省農業農村經濟發展和農業科技發展新形勢、新動向和新特征，主動適應新常態，聚焦農業供給側改革，落實國家藏糧于技戰略及創新型云南行動計劃，堅持突出重點的原則，把全院學科領域調整為6大學科重點學科群、13個重點研究領域和42個重點研究方向，突出具有特色的生物育種、現代農業產業體系建設、農產品質量安全、農業裝備、農業生態環境保護等重大科技需求，以及生物種業、大健康產業、生態產品、農業觀光旅游農業走出去等新興產業、新型業態發展需求，狠抓新品種、新技術推廣及新產品開發，搶抓機遇，厚植優勢，凝練重大科技命題進行研究，搶占制高點，產出一批以新品種、新技術、新產品、新標準為標志的重大科技成果，形成一批國內具有不可替代性、不可復制性的研究特色，加快推進具有區域特色的高水平省級農業科學院建設，為推進高原特色農業現代化和農業科技創新作出新貢獻。
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