安徽農業大學馬克思主義學院成立于2016年5月，是在人文社會科學學院原有思想政治理論課教研部基礎上成立的獨立建制的正處級二級教學科研機構。
馬克思主義學院源于1954 年安徽農學院獨立建院之后的馬列主義教研組。1956年10月，在全院學生中開設“社會主義思想教育課”。1965年6月，馬列主義教研組由安徽農學院黨委直接領導。“文革”期間，安徽農學院下遷辦學。1973年1月，宿縣總院設政治理論教研室，由黨委直接領導，在滁縣、鳳陽兩個分院設政治理論課小組。1976年設馬列主義教研室，直屬黨委領導。1979年隨安徽農學院回遷合肥。1992年11月，成立人文社會科學系。1994年4月，文理學院成立，人文社會科學系并入文理學院。1995年安徽農學院更名為安徽農業大學。1998年10月，人文社會科學系成立直屬系，為正處級機構并更名為社會科學部。2002年6月，社會科學部更名為人文社會科學學院。2004年7月設馬克思主義理論與思想政治教育教學部（簡稱“兩課”部），副處級建制，隸屬人文社會科學學院。2005年3月，中宣部、教育部頒布新的思想政治理論課課程設置方案后，更名為思想政治理論課教研部。2016年5月，成立馬克思主義學院。
馬克思主義學院現有專任思想政治理論課教師27人，秘書1人，其中教授7人，副教授8人，博士和在讀博士生11人，擁有馬克思主義基本原理和思想政治教育兩個碩士學位授權點，在校碩士研究生105人。學院下設馬克思主義基本原理、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系、中國近現代史綱要、思想道德修養與法律基礎、形勢與政策、研究生思想政治理論課等6個教研室。承擔全校本科生及碩士、博士研究生的思想政治理論課教學工作，負責全校本科生形勢與政策課的教育教學。
目前，馬克思主義學院積極圍繞學校高水平大學建設目標，大力推進以課堂教學為主并將訪談式、輻射式、啟發式、體驗式方法融入教學的思想政治理論課多維立體教學方法改革；大力推進學校8個校外綜合試驗站、渡江戰役紀念館、安徽名人館、安徽博物院、小崗村、高科技創新園區等思想政治理論課實踐教學基地建設，切實發揮實踐教學第二課堂作用；大力推進“青禾”校園網絡文化中心和思想政治理論課網絡學習考試平臺建設，積極探索網絡自媒體教學重要輔助作用；大力推進所有思想政治理論課程的無紙化在線考試，不斷完善以無紙化在線考試為主，實踐教學、網絡教學考核為輔的思想政治理論課考核方式；大力推進思想政治理論課教師實踐研修、學習交流和對外合作，不斷提升教師的理論業務水平和教學科研能力，切實讓學生對馬克思主義真學、真懂、真信，讓核心價值觀入腦、入心、入行，積極引導大學生堅定道路自信、理論自信、制度自信和文化自信，努力讓思想政治理論課成為大學生真心喜愛、終身受益、畢生難忘的優秀課程。
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