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研究所面向世界農業科技前沿、面向國家重大需求、面向現代農業建設主戰場，圍繞“優質、安全、簡約、多樣、高效”的科技主攻方向,以種質資源為基礎，以品種培育為核心，以栽培植保為支撐，以貯藏加工為拓展，以質量檢測、風險評估和科技信息為保障，開展應用和應用基礎研究，著力解決我國果樹瓜類產業發展中基礎性、戰略性、全局性、關鍵性、前瞻性重大科技問題，為保障國家食物安全、食品安全、生態安全、人民健康、農民增收和可持續發展，推進美麗中國、健康中國建設和農業供給側結構性改革，振興鄉村提供強有力的科技支撐，滿足人民日益增長的美好生活需要和優美生態環境需要。

研究所經過近60年的發展，形成了涵蓋種質資源、遺傳育種、栽培生理、植物保護、貯藏加工、質量檢測、風險評估、科技信息、示范推廣等學科體系，創建了種類齊全、學科完整、特色鮮明、優勢明顯的研究體系。

研究所堅持“以人為本、人才興所”的方針，大力加強人才隊伍建設，培養和匯聚了一批國內外一流的領域科學家。全所共有600多人，在職職工202人。其中高級職稱80人，博士31人、碩士83人。中原學者1人，國家和省部級有突出貢獻中青年專家6人，享受國務院政府特殊津貼專家11人，國家現代農業產業技術體系崗位專家10人，中國農業科學院科技創新工程創新團隊10個，河南省大宗水果產業技術體系首席1人。擁有果樹學、蔬菜學、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農產品加工與貯藏工程等博士和碩士培養點。

研究所擁有6個處室和10個研究中心，現有國家葡萄桃種質資源圃、國家西瓜甜瓜中期庫、國家農作物種質資源平臺瓜果子平臺、國家瓜果改良中心、國家獼猴桃科技創新聯盟、農業部果樹育種技術重點實驗室、農業部果品及苗木質量監督檢驗測試中心、河南省果樹瓜類生物學重點實驗室、國家外專局引智示范推廣基地、中國-新西蘭果樹科學聯合實驗室、中國-西班牙果樹科學與技術聯合實驗室、中國-保加利亞果樹生物學聯合實驗室等科技平臺，在全國布局建設10個試驗站和100個成果示范基地。主辦《果樹學報》、《中國瓜菜》和《果農之友》三份科技期刊。研究所是中國農業科學院文明單位和河南省文明單位。

研究所共取得各類科研成果207項，其中10項成果獲國家級科技獎勵，95項成果獲得省部級獎勵，培育并通過省級以上審定的果樹瓜類新品種209個，其中國審（鑒）品種38個，形成了一批具有自主知識產權的新基因、新種質、新品種、新技術和新產品，產生了巨大的社會經濟效益。