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新疆農業科學院創立于1955年，是自治區人民政府直屬的事業單位。現有糧食作物研究所、經濟作物研究所、園藝作物研究所等19個科研機構，有10個試驗場站。全院現有在職職工996人，其中，專業技術人員798人，正高級職稱93人、副高級職稱207人，碩士及以上學位的人員280人；有中國工程院院士1名，國家級有突出貢獻專家7名，享受政府特殊津貼專家50名，國家級“百千萬人才”4名，自治區優秀專家51人次，自治區優秀專業技術工作者44人次。

作為自治區農業科技的主力軍，新疆農業科學院始終堅持“創新立院、人才強院、開放辦院”的工作方針，緊緊圍繞自治區農業發展不同階段的科技需求，特別是自治區“四大基地”和八大產業的發展目標，以加強農業科技創新和學科建設為主線，提出并優先發展了種質資源利用與農作物新品種培育、作物栽培技術研究、農林重要病蟲害預防與控制、農業資源高效利用、設施農業、農業工程技術與裝備、微生物應用與工程、農產品精深加工與現代貯運、生物質能源、農業經濟與科技信息等10大重點領域；重點培育和構建了作物遺傳育種、作物栽培、園藝作物、農業生物技術、植物保護、應用農業微生物、農業資源與生態環境、農業工程與機械裝備、設施農業、農業經濟與農業系統工程、農業信息技術與應用、農產品質量安全與標準、農產品加工與貯藏、生物質能源等14個具有鮮明區域特色的重點學科。由我院主辦的《新疆農業科學》成為“四核”期刊。建院以來，全院共獲得省部級二等獎以上獎勵137項；審（認）定新品種293個；獲得授權專利168個；推廣自育與引進農作物新品種357個。科技成果應用率達到70%，輻射全疆各個縣（市），為新疆農業農村經濟的發展提供了強有力的科技支撐。

全院建有國家、部委、自治區各類科技平臺55個。其中：建有國家現代農業科技示范區，國家棉花工程技術研究中心，科技部國際科技合作基地，農業部棉花、甜菜、大麥改良分中心，農業部部級檢驗測試監測中心4個，國家野外觀測站2個，農業部產業技術體系試驗站16個，農業部原原種基地5個，國家農作物品種資源中期保持庫，國家灰漠土肥力與肥料效益重點野外監測站，國家微生物菌種保存分中心，國家果樹種質資源圃，國際玉米小麥改良中心（CIMMYT）新疆小麥試驗站；建有自治區重點實驗室2個，育種家基地6個，西甜瓜育種研發基地2個，科技成果轉化中心，引智示范基地4個；建有海南三亞農業科技示范園，發酵中試車間。

全院有科研儀器設備2382臺（套），實驗室面積1.22萬平方米，土地面積3.34萬畝，總建筑面積1.99萬平方米。