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　　黑龍江省科學院微生物研究所成立于1959年9月9日，原名中國科學院林業土壤研究所生物分所，后隸屬于中國科學院東北分院，1971年轉屬黑龍江省，后又歸屬黑龍江省科學院。黑龍江省科學院微生物研究所是從事生物工程技術、微生物等方面的基礎性研究與科技開發的綜合性科研機構。在基因工程技術、生物質能源、食用菌菌種保藏與應用、廢水微生物處理、生物肥料、生物農藥、微生物保健品、固液綜合配套發酵技術等領域形成了專業特色和技術優勢。長期承擔國家五年計劃項目、"863" 計劃項目、國家自然基金項目和各部委、省市科研項目，已取得300余項科技成果，其中國家、部委項目45項及省重點項目57項，成果達國際先進水平以上29項。獲國家科技進步獎6項、省部級科技進步獎30項，發表一級以上學術論文700余篇，申請專利50余項，出版專著10余部。其中“靈桿菌素”、“金葡菌素”、“復合氨基酸”、“微生物肥料系列產品”、“微生物農藥系列產品”、“光合細菌系列產品”、“食用菌系列產品”等科研成果在生產中應用，取得了可觀的經濟效益和巨大的社會效益。
　　研究所現有固定資產2000余萬元，已形成科研創新、產品開發和后勤服務的合理布局：生物工程重點實驗室、資源與環境微生物研究室、應用醫學微生物研究室、食用菌研究中心四個研究部門和衛生部綠膿桿菌專業實驗室、黑龍江省生物工程重點實驗室、黑龍江省發酵工程技術研究中心、黑龍江省食用菌中試基地、黑龍江省菌種保藏中心以及黑龍江省科學院生物肥料研究中心等一系列研發平臺組成了涵蓋微生物上下游技術研究的科研創新體系；高新技術企業龍泰生物技術有限開發公司、波塞冬經貿公司組建了產品開發推廣的網絡模式；科研業務部、資產財務部、人事政工部、行政后勤部、科技信息部等提供了有力的后勤服務保障。各體系的良好運行成為持續發展的有力支撐。
　　擁有微生物學及微生物藥物學兩個省級重點學科、1個省級博士后產業化基地（2004年經省人事廳批準的生物工程博士后產業基地）和1個碩士學位授予點（2001年與黑龍江大學聯合創辦生物化學與分子生物學專業碩士學位授予點）。
　　黑龍江省科學院微生物所為黑龍江省生物技術產業發展發揮著重要作用。由研究所和兩個省級學會主辦的中文核心期刊《生物技術》向國內外公開發行；黑龍江省微生物學會、黑龍江省生物工程學會、黑龍江省生物制品技術質量監督檢驗站、黑龍江省菌種保藏委員會、黑龍江省食用菌標準化技術委員會、哈爾濱市道里區生產力促進中心等公益性機構均駐在所內。 　　
　　研究所在抓科研開發工作的同時，大力開展精神文明建設，連續多年被評為省級雙文明建設先進單位。自1998年被黑龍江省委、省政府授予省級"文明單位標兵"后，2004年、2010年再次被評為省級“文明單位標兵”。