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　　中國科學院微生物研究所是國內最大的綜合性微生物學研究機構，從事微生物學基礎和應用研究。微生物所成立于1958年12月3日，所址位于北京市海淀區中關村。2007年，微生物所的大部分從中關村遷至朝陽區中國科學院奧運村生命科學園區。
　　微生物所是由戴芳瀾先生領導的中國科學院應用真菌學研究所和方心芳先生領導的中國科學院北京微生物研究室合并而成。微生物所的誕生，揭開了我國微生物學研究的新篇章。
　　1958年至1976年的18年間，研究所先后成立了八個研究室：真菌研究室、病毒研究室、生理生化研究室、生物物理研究室、遺傳研究室、農業微生物研究室、工業微生物研究室和地微生物研究室。在我國微生物資源調查、微生物生理代謝、微生物遺傳變異等方面做了大量工作，在工業微生物學、地微生物學、霉腐微生物學、抗生素與拮抗微生物方面，結合國民經濟發展的需求，篩選出一大批適合于應用的優良菌種，解決了工農業生產中的諸多實際問題。　 
　　1978年，按照中國科學院的方向調整和戰略部署，研究所重新確立發展思路和學科布局，對學科領域和研究室設置進行了調整和重組，組建了八個研究室：真菌分類研究室、細菌分類研究室、病毒研究室、微生物生態研究室、微生物代謝研究室、微生物酶學研究室、微生物遺傳學研究室和微生物菌種保藏研究室，同時建立起一套相對完備的科研支撐系統，包括發酵中試廠、微生物新技術室、同位素實驗室和圖書情報室。此后二十年里，微生物所在基礎研究、應用基礎研究和應用開發研究均有長足進步，取得了一大批對經濟、社會發展具有重大意義的科研成果。
　　1998年6月，中國科學院知識創新工程正式啟動。2001年8月15日，微生物所整體進入中科院創新試點序列，翻開研究所發展史上又一嶄新的篇章。微生物所確立了微生物資源、分子微生物學、微生物生物技術三個主要研究領域，并將科研機構相應調整為微生物資源研究中心、分子微生物學研究中心和微生物生物技術研究中心。2004年，微生物所將研究領域進一步調整為微生物資源、工業微生物和病原微生物三大領域，并重組成立了分屬三大領域的九個研究中心，分別是：微生物資源中心、微生物基因組學聯合研究中心、極端微生物研究中心、能源與工業生物技術中心、微生物代謝工程研究中心、環境生物技術中心、農業生物技術中心、分子病毒中心和分子免疫中心。
　　2008年以來，微生物所面向工業升級、農業發展、人口健康和環境保護等方面的國家重大需求，瞄準國際微生物學前沿，積極優化學科布局，努力構建高效聯動的創新價值鏈，形成了以微生物資源中心、科學研究體系和技術轉移轉化中心為單元的“轉化鏈”式科研布局。研究所以微生物資源、微生物生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域，開展基礎性、戰略性、前瞻性研究。
　　目前，微生物所的科學研究體系由五個研究室組成，它們是微生物資源前期開發國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與中國科學院遺傳與發育生物學研究所共建）、真菌學國家重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室、中國科學院微生物生理與代謝工程重點實驗室。擁有亞洲最大的48萬多份標本的菌物標本館和國內最大的含4萬1千余株菌種的微生物菌種保藏中心，建有微生物資源中心（IMCAS-BRC），大型儀器中心和生物安全三級實驗室等技術支撐平臺，擁有一個藏書（刊）5萬余冊的專業性圖書館及擁有2萬余冊電子書、9000多種中西文電子期刊的電子圖書館。目前掛靠微生物所的單位有中國微生物學會、中國菌物學會、中國生物工程學會3個國家級學會，微生物所與相關學會共同主持編輯出版的學術刊物有《微生物學報》、《微生物學通報》、《菌物學報》及《生物工程學報》（中英文版）。
　　微生物所現有在編職工490人，其中科研人員416人，包括中國科學院院士7人，國家杰出青年基金獲得者11人，中國科學院百人計劃27人，國家千人計劃（青年項目）3人。共有在學研究生513人，在站博士后57人。
　　經過50多年的不懈努力，微生物所已經發展成為一個具有雄厚基礎、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學研究機構，也是國內學科最齊全的微生物學專業機構。