1、蟲害：在豬苓栽培的段木上發生各類不同的蟲害，大多是螨類以及馬陸等害蟲，可以使用辛硫磷藥物，按說明的最低濃度配對后澆入栽培堆即可，一般為1000倍左右，此后注意預防，比如清理周圍環境、斷絕蟲源等，也可每3～7天對周圍噴灑一次殺蟲藥物，即可預防和切斷害蟲來源渠道。
2、段木發生雜菌：段木由于速效營養較低，一般雜菌不易對其形成侵襲。但當栽培半年左右，段木長期在無光、潮濕的環境中，也是很容易遭到雜菌侵襲，一般多為木腐菌類雜菌，即真菌。預防措施為選擇優質菌種、掌握合適的水分、溫度等條件使蜜環菌健康生長，并盡快與豬苓密切接觸，形成良好的共生關系。一旦發生雜菌，可將菌材涂刷100倍左右消毒王溶液，然后照常管理。
3、豬苓消失：打開栽培堆，找不到豬苓的大菌核，甚至連小菌核也沒有，這就是所謂“豬苓消失”。原因有三：一是無性栽培用的豬苓(菌核)種有問題，或者感染病毒病菌，或者失去活性，被蜜環菌“吃掉”；有的可能是有性栽培用的豬苓菌種老化、退化，或者在運輸途中受熱等不適條件失活，導致栽培后其營養被蜜環菌吸收殆盡。二是蜜環菌菌材屬于多代培養，本身沒有供應營養的能力，使豬苓沒有營養來源而消失，或者有性栽培用的蜜環菌種老化退化引起的抗性低，無法給豬苓進行營養供給。第三，如果豬苓種和蜜環菌種沒有問題，很大程度上，就是管理不當，如水分問題。蜜環菌可以在水中正常生長，而豬苓則要求土壤含水率在30%～40%，水分稍大，豬苓因通氣不足而不能從蜜環菌菌索上吸收營養，水分過大，豬苓因通氣不足而失去活性，這時，蜜環菌菌索就會很自然地從豬苓菌核中吸收營養，最后導致豬苓的“消失”。一般可以安排半個月左右澆水一次可滿足豬苓對水的需要。
4、生長速度慢：豬苓屬于長周期生物，一般需要三年左右才能長成，栽培半年時間，豬苓跟小塊生姜差不多大，屬于正常情況。一般條件下，蜜環菌菌索需要大約兩個月左右時間才能與豬苓密切接觸，此后還要經歷一個營養與反營養的階段，然后才能進入正常供應階段，半年時間能夠長成小塊生姜大小，此后還有兩年多時間，一般單塊重量可達250克以上。
5、溫度：豬苓的正常生長溫度，在14～28℃之間，達到30℃以后，就會自動進入生理休眠期，所以夏季管理，更應當心。盡快在栽培堆上覆蓋樹葉、雜草或草苫等，給豬苓創造一個舒適的生長環境，是獲得高產的有效措施。
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