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 食用菌工廠化生產是我國現代農業和生物農業的新亮點，在發達國家食用菌工廠化比例較高，幾乎全部采用工廠化生產。食用菌工廠化生產是以工業理念發展現代農業，是集生物工程技術、人工模擬生態環境、智能化控制、自動化作業于一體的新型生產方式。
食用菌工廠化網格小閆了解，目前我國食用菌工廠化栽培使用的菌種一直是外國菌種占主導地位，屬于“中國造”的菌種太少。李玉院士表示：“目前我們需要拿出自己的品種來，中國的資源如此豐富，從業者也不少，必須要拿出自己的品種才行。”但同時，很多現代技術在育種上的應用等都是整個行業應該關注的問題。
目前，部分食用菌從業者對產業認識不足，很多管理者只是有了自己的原始積累，便進入到食用菌行業，無法用現代化思維和模式發展食用菌行業。許多企業在發展過程中，生產的設備、菌種都一樣，但產品質量卻大不相同，出現差距的主要原因就在于企業的管理水平和技術人員的水平不同。由此，李玉院士總結到：“發展食用菌行業并不是有熱情就能做好，在熱情的背后需要冷靜思考，如何用現代化的理念去管理企業，讓企業升級。”
食用菌行業發展最重要的一點就是要統一行業標準，要真正實現產品的安全，全過程的可控是一個關鍵。關于行業標準化，在國際上有許多值得借鑒的經驗，但目前國內至少需要達到規范化的、全過程可監控的，要實現從田頭到餐桌的全過程的安全，讓每一個環節都有技術標準，這方面還有很長的路要走。
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