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1 香菇原料與配方常見問題：
    隨意修改配方導致出菇困難。例如添加未經過驗證實驗的原料。有的把鈣石粉當做石膏使用，有的把滑石粉、鈣石粉、石膏粉等摻到麩皮里當作添加面粉買，有的把稻谷殼粉碎摻入麩皮買，用戶不知道如何辨別其中真假，寧愿相信人家把高于一倍的面粉摻入麩皮中便宜賣，沒有把石膏粉和滑石粉放到水中會自由沉淀面粉不會沉淀進行實驗觀察，明明知道稻谷殼粉用手捻是澀的而麩皮無論大小都是光的，只圖便宜，其結果是造成投資減產甚至又的造成不會出菇或者錯過正常出菇季節才會出菇；有的添加沒有經過生產性實驗或市場廣告的添加劑，輕者造成出菇稀少或出菇過密而減產虧本，重者造成不出菇而嚴重投資虧損。因為胡亂加入摻雜兌假和沒有經過驗證、沒有成分技術指標的所謂“食用菌專用”“增產劑”“殺菌劑”等添加原料，造成減產或不出菇現象。自從2000年以來，在栽培區域中的此類現象屢見不鮮。
    2  裝袋質量問題：
    裝袋質量標準模糊引起出菇困難。例如，大多數出菇稀少或不出菇的菌棒，雖然涵蓋菌齡不足、溫性不相符、菌棒表面干燥、保濕效果不足、催菇措施不當等諸多因素，而占其表面轉色程度偏重的比例大于其它各種因素，水分超大轉色過重而影響出菇困難或不出菇的菇農，大多數是新發展栽培戶，缺乏水分偏大的菌棒管理過程促控轉色程度降低的經驗措施，當發現出菇困難或不出菇現象時而束手無策。有的添加沒有經過生產性實驗或市場廣告的添加劑，輕者造成出菇稀少或出菇過密而減產虧本，重者造成不出菇而嚴重投資虧損。因為胡亂加入摻雜兌假和沒有經過驗證、沒有成分技術指標的所謂“食用菌專用”“增產劑”“殺菌劑”等添加原料造成減產或不出菇現象自從2000年以來，在栽培區域中的此類現象屢見不鮮。
    3 菌絲培養問題：
    菌絲培養過程的積溫偏低引起不出菇或畸形菇。不同香菇菌株的菌絲培養過程，對菌絲體培養環境溫度條件要求的精確度各有不同。大體可以分為三種類型，一是沒有嚴格要求的菌株，例如90天以下的速生類菌株，可以在菌絲培養過程遇到適宜溫度條件而自由出菇；二是菌齡在150天以上的春季栽培的晚熟類菌株，因為菌齡時間比較長而需要越過幾個月的夏季，到了秋冬季節出現10℃以上溫差就會自然出菇；三是介于早熟和晚熟菌株之間的120天至150天中熟類菌株，多數出菇特性范圍是在春末夏初和秋末冬初季節20℃左右的氣溫過度過程自由出菇，所以對溫差要求比較小，而此類菌株中的部分菌株容易出現“假菇”現象，為了避免“假菇”產生，需要在菌絲體培養過程促使菌絲體由生理生長轉向生殖生長過程，進行“深度老熟”的培養措施，例如868、CR04、仙姑1號、241-4等，都需要在發滿菌以后，對菌棒進行25-28℃的恒溫養菌30天左右，促使菌絲轉色后的深度“后熟”，達到正常出菇條件。
    4 香菇菌棒轉色質量問題：
    缺乏菌棒轉色過程的轉色質量調控經驗,造成轉色過重而出菇困難，是比較常見的出菇稀少或不出菇問題。不同菌株的轉色顏色和轉色程度各有差異（如表所示）。需要理想的出菇菌棒質量，從培養料合成的水分含量開始控制，是最有效的控制轉色效果的方法。根據不同菌株的轉色質量程度，對拌料水分進行適當調整，可以減少必要的菌棒管理過程（加強通風、多刺孔排出水分、勤翻堆防止轉色過重、多次打孔有利于排出菌棒內的水分等）諸多麻煩，按常規管理，就可以輕松達到理想出菇的轉色程度。如果發現配水過量，或者看到轉色已經達到要求，防止繼續轉色過重的有效方法是增加刺孔數量、加大通風量，保持環境干燥程度，保水膜栽培袋要盡快脫去外袋，促進菌棒內部脫水，調節菌棒轉色程度。
    5  香菇袋料菌棒實驗出菇方法問題：
    實驗性出菇，是防止菌棒沒有達到生理成熟，防止大量催菇后出現大量的畸形菇的常用措施，解決理想而批量催菇的時間和方法差異問題，使出菇產生異常是反季節香菇栽培種比較常見的問題，實驗出菇的方法及其參考的菌齡、積溫等技術參數，都有供種單位提供。
    6  香菇袋料菌棒批量催菇技術問題：
    常見的催菇技術問題，多見于催菇期間不懂溫度和濕度條件，忽略環境溫度、濕度、含水量等相關的技術參數；比較多見的是在高溫天氣條件下，用不符合子實體形成溫度、濕度、菌棒表面干燥條件下，進行碰棒、敦棒、敲打或添加催菇劑等方法催菇，而導致反復催菇無效。
    7  香菇袋料菌棒出菇質量控制問題：
    反季節出菇質量主要是指菇質顏色、菇體大小、菇腿長度的控制措施。對于出菇質量控制的技術問題，需要栽培者對不同位置、不同濕度、不同遮陰度、不同光照度、不同干燥度、不懂天氣等環境因素條件下，觀察香菇菌蓋顏色、光潔度、干濕度、花紋龜裂程度、花紋顏色變化因素、子實體生長速度、菇柄長度等技術指標進行認真細致的觀察、總結，找出自己的優質菇品的培養條件經驗答案。
    8、香菇菌棒出菇數量控制問題：
    全國香菇生產大縣的西峽縣菇農經過20年的種植經驗積累，采取“豹花斑”狀菌棒生產、刺孔、放大氣、越夏管理等環節控制，達到豹花斑點占菌棒表面積的5%~15%為最佳菌棒出菇狀態控制標準的拌料水分控制方法，以手抓培養料手上有麩皮、無木屑、無水印，18×60成品袋料重量5.8~6.2市斤的控制標準，生產的菌棒出菇數量在15~40個之間。靈寶市的代料原料與西峽縣相比，主要原料的質量雖有硬質木屑和蘋果木屑的變化，但是菇農對袋料制作的重量控制范圍比較大，從5.5市斤到7斤之間不等，這是造成靈寶市出菇質量控制出現（出菇密而小和不出菇或出菇稀而少的）兩種極端現象的主要因素。
    9、出菇過密控制問題：
    出菇過密，除了引進品種容易出現出菇過密問題以外，對于出菇比較稀的品種，比較常見的是菌棒生產過程的含水量偏低，制成的菌棒表面轉色面不足70%，或某些品種（菌株）的轉色特性為茶褐色或淡褐色的出菇密集型菌株，如856、66、939、CR04、L18、高溫1號等菌株的菌棒轉色后的色澤均為淡褐色或茶褐色，而9015、9608、L26、808等菌株的菌棒轉色顏色為褐色或深褐色。前者菌棒容易出菇，而后者菌株生產的菌棒容易出現出菇困難現象。靈寶市常卯村的菇農對于裝袋重量大于6市斤~7市斤的菌棒控制轉色過重的方法是觀察菌棒轉色面積達到70%左右時，立即脫掉栽培袋，只用免割袋進行轉色后期的轉色程度控制，所以這個村的菌棒出菇數量適中而穩定，菇個大而品質好。
    10、出菇過稀控制問題：
    出菇過稀現象出現在出菇過密問題的兩類菌株的轉色條件中。其中轉色茶褐色的菌株的菌棒多見于轉色過重（沒有豹花斑）的菌棒，轉色為褐色或深褐色的菌棒，則必須是在菌棒轉色程度控制豹花斑具有接近5%以下的菌棒中，此類菌棒如果出現轉色之后沒有豹花斑點現象，就會產生出菇困難或不出菇現象。因為轉的過重的菌棒表面被一層較厚的菌皮所保護，好像人體增加衣服不怕溫度變涼的現象一樣，而對環境溫差影響的靈敏度受到嚴重影響，所以就會出現轉色厚的地方不出菇，接近轉色薄的地方容易出菇。
    解決出菇過稀問題的基本方法就是在出菇過程保持菌棒含水量和出菇期間的菌棒表面濕度軟化條件，并加大震動和溫差促控條件。