羊肚菌的菌種一播下，菌絲就著床，開始快速生長，在土壤里沿著四面八方發展。隨著各個播種點萌發的菌絲生長，漸漸地連成一整片的菌絲網絡，直至鋪滿廂面。
羊肚菌的菌絲形狀為圓筒狀或管狀，被隔膜分割成竹節狀，每一節為一個菌絲細胞，然后細胞與細胞之間的隔膜有一個可以實現營養物質或細胞質流通的小孔。這樣大量的菌絲互相接觸、糾纏，就形成了菌絲網絡。
需要注意的是，剛長成的菌絲網絡并沒有多少營養物質。需要后期擺放營養袋給菌絲網絡補充營養。而營養袋中的營養物質通過管狀菌絲流通到菌核儲存起來，提供給菇朵長出來。
發育比較好的菌絲網絡是后期出菇的營養基礎，是形成產量的根本。有經驗的菇農，根據播種后半個月菌絲發育的狀態，就可以判斷種植效果。
要想菌絲長得好，就要注意播種的環境溫度不超過20℃，地溫以10~16℃為佳。
一般情況下，播種一天后，就能看到菌絲有生長跡象，長5毫米左右。不過此時菌種剛復蘇，菌絲還比較纖細和柔弱。
播種后兩三天，菌絲強壯了一點，可以看到地表稀疏地附著一層菌絲，細看有點像蜘蛛絲。
若是2~3天菌種還不萌發，菌絲還沒有蔓延跡象，就要盡快查找原因，立即做出改進。
播種后5~7天，菌絲網絡形成，土層上覆蓋的菌絲更多。需要根據播種方式的不同，觀察菌絲成長狀態。若是撒播，則整個廂面菌絲會比較均勻，若是條播，則播種條位置菌絲會比較明顯，其他地方少一些。
播種后7~10天，地表的菌絲網絡慢慢轉變成菌霜。菌霜多少，受通風、光線、溫度等影響，有些地方會多一些。
如果一直沒有觀察到有以上狀態出現，那證明菌種沒萌發或萌發不良。菌種不萌發可能是以下幾個原因。
一、菌種有問題。菌種質量不合格，或菌種老化會出現萌發狀態不好的現象，這種情況可以通過橫向對比同批次菌種不同基地的種植情況來判斷。
二、土壤濕度不適宜。土壤濕度過大或過小，都會影響菌種發育。濕度太大，影響土壤透氣性，會造成菌種供氧不足；濕度過小，菌絲缺水，生長力度小。
三、低溫影響。在溫度低的環境中，菌絲生長相對緩慢。
四、菌種受污染。菌種被雜菌污染后，受雜菌抑制會生長不良。
生產中要隨時觀察，遇到前面三種狀況，應及時補播菌種，調節土壤的濕度和棚內溫度。
菌種受污染一般是菌種產生菌霉，這是比較常見的問題，造成污染可能是兩種原因。
1.播種時溫度偏高，覆土不當，導致喜好高溫的雜菌快速生長，侵襲羊肚菌菌種，抑制了羊肚菌菌種的萌發。
2.菌種帶雜菌，這種情況播種之前一般要通過觀察菌種提前排查。
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