在我國南方地區，羊肚菌的出菇時間是在2月中下旬、3月初開始出菇，到3月下旬、4月初采摘結束；而在北方地區，海拔超過800米的山區，是在3月中下旬、4月初開始出菇，到4月中下旬結束。
出菇管理是羊肚菌生產的關鍵期，也是生產的沖刺階段。出菇期間如何從溫度、水分、空氣、光照、蟲害、雜菌等方面進行管理？
1.溫度管理：羊肚菌子實體在8-22℃條件下均能生長，以12-18℃為最好，最適宜的溫度為12-15℃，溫度過高或過低，原基都不易形成，而且子實體也長不好，對產量、品質都有影響，還會出現凍死或枯死的現象。溫度過高子實體肉薄、柄長、商品價值低；溫度過低，子實體生長緩慢、個體大，肉厚。
2.水分管理：羊肚菌出菇階段的水分管理主要是對空氣相對濕度管理以及土壤含水量的管理。應保持空氣相對濕度在85%-95%，子實體才能健康。同時，土粒表面須保持濕潤狀態，不粘手，濕土含水重控制在20%-23%之間。
子實體原基形成后不能直接向畦面噴水，否則原基會大量死亡。這時只能在空氣中噴少量細霧或用霧化器增加空氣濕度。如果土壤濕度過低，就不能形成原基，可以在走道的溝內少量灌水，增加土層內的含水量。
3.空氣管理：羊肚菌子實體需要足夠的新鮮空氣，若使用塑料大棚或塑料薄膜覆蓋以及室內栽培都必須滿足羊肚菌生長所需的空氣要求。塑料大棚要保持棚內良好的通氣狀態。
4.光照管理：羊肚菌子實體適宜在三分陽七分陰的環境中生長，全黑的條件或陽光過強直射甚至暴曬條件下，都不利于子實體的形成和生長，因此后期遮陽網和各色地膜都要取掉才能出菇。
5.蟲害管理：南方地區容易發生蟲害，最好把營養袋清除，不要繼續保留在土面，否則容易孳生跳蟲、線蟲等。出菇期間可繼續懸掛黏蟲的黃板、安裝誘蟲燈誘殺各種害蟲。絕對不能使用任何農藥。
6.雜菌管理：出菇階段在畦面最先出現的可能是一些盤菌，預示羊肚菌子實體也開始發生；菇床上也會出現少量傘菌，較多時應手動清除。此外，若土壤濕度過大，容易在子實體上形成大量白色霉菌，致使子實體慢慢腐爛，這是鐮刀菌、擬青霉菌等病原菌的危害，這時應該保持良好的通氣，降低土壤含水量和空氣相對濕度，抑制病原菌大量的生長繁殖。一般不要施用農藥控制。
成熟后，該如何采收？
商品菇的菌蓋長度不宜超過7厘米，要求是3-5厘米；新鮮菌柄長度為3-5厘米；整菇長度為7-12厘米時應及時采收。
在采收時，要采大留小，用手、刀片、剪刀從菌柄的底部整齊切斷，保留菌柄基本在土內，以免損傷附近的原基及幼菇。
采收后應立即進行整理，用刀片削去泥腳，除去病菇、畸形菇、破損菇，按照大小、色澤進行分級晾曬。
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