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據有關分析報道證明，菌糠與培養料相比，維生素和木質素明顯降低，蛋白質和無氮浸出物均有增加，并含有家畜、家禽需要的鈣、鈉、鎂、鐵、鈷、錳等礦物元素。例如，棉籽殼菌糠中的粗蛋白含量可比棉籽殼提高一倍多，與玉米、小麥麩皮中的粗蛋白含量相近。更重要的是它含有多種氨基酸，其中有幾種是畜禽體內不能合成的，而一般飼料中又比較缺乏。不僅如此，栽培食用菌后的菌糠，大大降低了棉酚和和霉菌毒素的含量，改變了角質層及纖維素整體結構的的致密性，機械強度減弱，氣味芳香，適適口性明顯提高。

菌糠作為飼料應用完全可行，但菌糠品質的好壞直接影響到利用價值的高低。凡是菌絲生長旺盛，表面被除數覆一層白色菌絲體膜，無雜菌污染，子實體分化良好的為上品；菌絲體生長較差，尚有少部分培養料未生菌絲，串結不良，無雜菌污染的為中品；菌絲稀少，生長不良，雜菌污染嚴重，出現酸、臭等異味，子實體難以分化的為劣品。上中品可用作畜禽飼料，下品就不要喂畜禽了。對栽培食用菌后的菌糠，要及時收集起來，防止混入土和其它雜質，晾干粉碎后，按一定比例混頻器入配合飼料中即可應用。經驗證明，以加少水少許拌濕飼喂較好，加水呈以手握成團逐步共聚合不滴水為宜。菌糠占飼料總量的比例是：25公斤左右的仔豬15-20%，35公斤以上的育肥豬20—30%，成年母豬20—40%，牛30—50%，雞最多不超10%，按以上的飼料配比添加菌糠，可代替同等數量的精料。