一、栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品種的廢料，只要菌絲生長較好，培養料未被雜菌污染，則可將其曬干整碎后添加30%到新原料中栽培雞腿菇，其效益相當可觀。此法既可降低生產成本，也可進一步提高原料的利用率。
二、菌糠在制種上的應用；菌糠用于雙孢菇菌種的生產，可提高菌種質量，節約成本。研究表明：菌糠是代替一部分麥粒制作雙孢菇菌種的好原料。
三、家畜家禽飼料；平菇、香菇、金針菇等木腐類真菌，種菇后廢料中含有較豐富的氨基酸，并且Fe、Ca、Zn、Mg等微量元素含量也很豐富，加之菌渣特有的蘑菇香味，使之具有較好的適口性，因此菌渣可作飼料使用。
四、食用菌廢料作肥料；對發霉的菌渣，不宜作二次栽培料和動物飼料，多用作農家肥料。食用菌廢料中富含有機物和多種礦質元素。其中N、P、K養分含量高于稻草和鮮糞。土壤中施用食用菌廢料后，可形成具有良好通氣蓄水能力的腐殖質。對改良土壤，提高土壤肥力具有重要意義。此外，食用菌菌絲體在生長過程中，分泌出某種激動素物質和特殊的酶，而這些酶可使復雜的有機物分解成易被植物吸收的營養物質。食用菌廢料深施在果園里，可改良土壤，提高水果品質，具體表現為增產增收的效果。食用菌廢料施在蔬菜上，可使蔬菜的抗旱力明顯增強，植株生長旺盛，外觀品質好。在花卉種植中，把種菇后廢料與肥土混和后堆積自然發酵，用作花卉苗圃、花盆的養花基肥，可改善土壤結構，提高通氣性及持水保水能力，使長出的花草枝繁葉茂，花量大，花色艷麗，并且成本極低。 五、食用菌廢料作燃料
由于香菇栽培大多用木屑做培養料，因此食用菌廢料做燃料以曬干的香菇菌筒的效果最好。
1.用作滅菌燃料；將出菇后的廢菌筒曬干收藏。菌種生產和熟料栽培時，可用作滅菌燃料。既節約能源，又節省生產投資，同時也解決了廢料造成的環境污染問題。
2.生產沼氣；平菇下腳料作沼氣發酵底物，按常規方法將廢料倒人沼氣池，便可產生優質沼氣，既節省原料，又可調節產氣淡旺矛盾，使廢料發揮出余熱。
3.用作菇棚加溫燃料 在中國北方，冬季種菇的塑料大棚內，大多數菇農升溫用的燃料是煤或木炭。不僅投資大，成本高，而且污染環境，利用干燥后的菌渣作燃料，不僅節約煤或木炭，而且火焰類似無煙煤，不易產生有害濃煙氣體。這樣每年可節約大量的燃料投資，食用菌生產的效益更高。
六、蔬菜育苗時代替覆土；在蔬菜育苗時，用熱蒸汽等物理方法處理菌渣后作覆土材料，覆蓋在種子上，可有效降低或消除根腐、猝倒等病害。
七、提取激素和農藥；將平菇下腳料中的激素和抗菌素成份提取出來，可制成增產素和抗菌素。
八、食用菌廢料飼養昆蟲；食用菌廢料集中堆漚，適當增加濕度，可飼養大量的蠐螬等昆蟲，用這些昆蟲作飼料喂鯰魚等魚類及肉雞等，可節約大量的飼料投資，降低成本；同時，飼養的魚及肉雞等個大體肥，營養價值較高。
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