制作培養料：對棉籽殼嚴格把關；菇農之所以喜歡用棉籽殼作為主要原料生產食用菌，是因為棉籽殼所含營養全面，吸水性強，透氣性好，便于發菌出菇。研究表明，棉籽殼中可溶性碳水化合物含量在22%左右，全氮含量在0.67%左右，碳氮比為70：1，是種植大多數食用菌的優質原料。同時，棉籽殼顆粒適中，菇農不用再進行粉碎、預濕等操作，使用簡單方便。菇農在選用棉籽殼時要注意兩點：
首先，注意增加輔料，補充營養。由于脫絨設備的改進，棉籽殼上的絨毛變少變短，導致其吸水能力降低，透氣性變差；棉籽油生產設備對棉籽造成的破損減少，又使棉籽殼中所含的營養物質吸收困難。菇農必須增加一定的輔料，如豆餅、麩皮等補充營養。
其次，選用新鮮棉籽殼。由于前兩年棉籽殼價格居高不下，市場上棉籽殼存貨不少。菇農購買時一定要謹慎，最好選擇新棉籽殼，如果是陳舊棉籽殼，最好經過高溫滅菌熟料栽培。但9月份之后才開始接種栽培的平菇，多用生料栽培。這里要特別提醒菇農朋友，在購買棉籽殼時一定要仔細，選用沒有發生霉變的新鮮棉籽殼。
制作三級菌種：關鍵是掌握好料水比；
塑料袋具有良好的保濕性能，拌料時一定要嚴格掌握好料水比。如果培養料含水量偏低，則菌絲生長緩慢、纖弱；含水量偏高，則透氣性變差，導致菌絲生長受阻。一般來說，秋季氣溫高，料水比以1:1.1-1:1.2為宜。也可用感觀測定，以裝袋前手握培養料，指縫間有水溢出，但不下滴為標準。棉絨長的棉籽殼可適當多加一些水，棉絨短的應少加一些水。裝袋時，邊裝料邊拌料，隨時翻動料堆，以防干濕不勻，影響菌絲生長。
三級菌種發菌期：及時翻堆，注意防蟲；
三級菌種發菌期要求避光、干燥并注意發菌室通風換氣，經過一個月左右菌絲即可長滿培養料。由于發菌時間長，如果管理不當，易出現菌絲生長慢、感染雜菌、蟲害等問題，導致發菌失敗。
首先，適時檢查菌袋，翻堆散熱。由于培養室空間有限，菇農多是多層堆放菌袋，有的可達5-7層。隨著菌絲不斷生長，菌袋內部溫度隨之上升，如果不及時翻堆散熱，很容易造成燒菌。翻袋時要注意將原來朝上的一面換到下面，使袋內水分比較均勻，利于發菌。翻堆時，菌袋一定要輕拿輕放，防止扎袋，減少雜菌污染。翻堆時要注意檢查菌種萌發、生長情況，發現有點片狀雜菌發生，應及時揀出并進行防治。檢查菌袋時可用手將菌袋兩頭的袋口松動一下，使氧氣透進袋內，加快菌絲的生長。菌絲生長一段時間后，如果發現生長速度變慢，氧氣缺乏，可用大頭釘在菌絲長過處打小孔，切不能在還沒有生長菌絲的地方打孔，否則會導致菌袋污染。
其次，做好防蟲工作。三級菌種發菌期，經常受到害蟲威脅。如果菌袋被硬物刺破或遭鼠害等，菇蚊、菇蠅等進入袋內產卵，菌絲很容易被害蟲咬食，影響發菌。發菌期間，應每隔7天左右對地面、窗戶等用高效氯氰菊酯、敵菇蟲等藥劑噴霧一次，預防害蟲。
入棚期：做好進棚前的菇棚消毒
在平菇生產中，很多人往往把管理重點放在了前期菌種制作和出菇階段，而忽略了平菇在入棚之前的菇棚消毒工作。如果消毒工作做不好，棚內病原多，平菇就更容易感染病蟲害，進而造成損失。菇棚消毒非常簡單，首先要將往年的廢料、菇棚周邊的雜草清理干凈，在地面撒上生石灰，并用克霉靈、腐霉清等進行全棚噴灑，墻體、立柱、通風口等都要噴灑藥物進行消毒，不留死角；也可將菇棚關嚴，用百菌清煙劑、二氯異氰脲酸鈉煙劑和蟲螨一熏絕（高效氯氰菊酯）等熏棚1-2天，然后通風排氣，之后即可將菌袋搬進棚內栽培。
平菇生產中，還有一個讓菇農頭疼的問題，就是綠霉菌侵染。在將菌棒入棚時，首先要將被雜菌侵染的菌袋分揀出來，單獨堆放，切不可與健康菌袋堆放在一起，以免雜菌傳染到其他菌袋上。其次要看雜菌的侵染程度，如果被雜菌侵染嚴重，整個菌袋中都長滿了綠霉菌，這樣的菌袋已經“無藥可救”，必須扔掉；如果侵染不是很嚴重，只有一處或幾處感染綠霉菌，則可通過向長綠霉菌的培養料處注射高效綠霉凈等藥劑進行防治。
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