雞腿菇的發酵栽培是將原料混合均勻，按照一定的規格建堆，進入發酵工序，當堆體溫度達到一定要求后，按照一定的規格翻堆建堆，然后進入發酵過程，一般要翻3~5遍，翻堆要均勻，發酵過程中要注意打孔、通風、保溫、保濕，堆肥堆發酵是有機物在各種微生物的作用下，在有氧條件下發生復雜生物化變化的過程，這一過程受到堆肥原料、堆肥場地、堆置方式、堆置進度、含水量和微生物參與的影響，其中微生物起著特別重要的作用。
堆積發酵是好氧發酵，一般堆體建成后幾個小時內，堆體內的總氧含量就被微生物呼吸耗盡了，堆里的氧氣如何在一定時間內補充，它主要依靠堆體的“煙窗”效應來滿足微生物對氧氣的需求，即堆體中心的熱空氣上升，從堆體頂部向外擴散，迫使新鮮空氣從堆體外圍進入堆體，從而產生氣流在堆體內的循環現象，但這種氣流的循環速度要合適，循環太快，說明絨頭太干太松，容易出現“白花”現象，循環太慢，供氧不足，發生厭氧發酵，而料堆發酵，也就是微生物繁殖到一定程度，僅僅依靠煙窗效應供氧是不夠的，這時候就需要翻堆來有效快速的滿足這些高溫菌群對氧氣和營養的需求，也就是說達到均勻發酵的目的。
堆肥發酵和堆肥發酵過程中養分的變化是化學轉化和物理變化的復雜過程，其中，微生物活動起著重要的作用，在培養基中，養分分解和養分積累同時進行，有益微生物和有害微生物的代謝活動消耗原料，但更重要的是有益微生物的活動，將復雜的物質分解成易于被食用菌吸收的簡單物質，同時細菌合成只有食用菌菌絲體才能輕易分解的多糖和蛋白質，比如雙孢蘑菇栽培料的主要成分是糞草和化肥，不能被蘑菇菌絲體直接分解利用，這些以纖維素和木質素為主要成分的有機物，必須經過堆積，在有益微生物如假單胞菌、腐質霉、嗜熱鏈霉菌、高溫單孢菌或高溫放線菌，特別是嗜熱嗜溫和嗜熱纖維素分解菌的作用下，降解轉化為可被蘑菇菌絲體吸收利用的簡單可溶性物質。
放線菌等微生物死亡后留下的代謝產物、細菌蛋白、多糖等物質，可以活化和促進蘑菇的生長，發酵后，過量的游離氨、硫化氫等有毒物質被消除，堆肥成為特殊風味，糞肥疏松柔軟，透氣性、吸水性、保溫性等理化性能有所提高，此外，堆肥發酵過程中產生的高溫殺死了害蟲，減少了病蟲害對蘑菇生長的威脅和危害。可見，堆肥發酵是食用菌栽培的重要技術環節，直接關系到蘑菇生產的成敗，因此，在分批發酵中，應選擇糞草發酵原料，科學協調碳氮源，特別注意碳氮比的平衡，培養料發酵既不能“生”，也不能過熟。
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