一、發菌階段“階段式”管理
香菇發菌期80天左右，為了發菌充分，減少污染，要按天分階段進行管理。
接種后1～6天，是菌絲萌發、定植的時期，由于菌絲生長勢較弱，需將棚溫控制在28℃左右。且此期不宜移動菌袋，以防雜菌感染，同時不通風或少量通風。
接種后7～10天，菌絲向料內蔓延，袋溫逐漸升高，需將棚溫控制在25～27℃。9天后開始翻堆，在翻堆時，逐袋檢查菌絲生長情況及雜菌感染情況。發現漏接的菌袋、沒有發菌的接種穴，應將其集中到一個地方，挖除霉點，用5%～10%的石灰水涂抹患處。每天通風1～2次，每次約30分鐘。
接種后11～20天，菌絲進入旺盛生長期，代謝活動加快，袋溫高出棚溫1～5℃，要特別注意降溫和通風。此期需將棚溫控制在20～24℃，每天通風1～2小時。
接種后21天，因菌絲大量生長，袋內氧氣不能滿足菌絲生長要求，缺氧成為菌絲生長的限制因素，應及時去掉套袋，或用刺孔的方法增加氧氣。去掉套袋或刺孔后，菌絲生長加速，袋溫會升高，此時要加大通風量，并疏散菌袋。
經30～50天，菌絲長滿菌袋，可進行菌袋轉色和生理成熟的管理。菌袋轉色是香菇菌絲發育的一個特殊生理過程，也是菌絲發育成熟的標志。菌袋轉色時棚溫應控制在18～24℃，空氣濕度控制在80%～85%，有一定散射光及良好的通風條件。當菌絲長滿菌袋后，應撤去菇棚的覆蓋物，以增加棚內光照；將棚溫控制在20～ 24℃，溫差不要太大，少移動菌袋。如果用大袋栽培，菌袋轉色時間25～30天；如果用小袋栽培，菌袋轉色時間10～15天。在此過程中，轉色條件適宜，菌袋轉色均勻，出菇整齊，產量高，質量好。如果轉色太淺或不均勻，則畸形菇多。如果轉色太重，菌膜過厚，則出菇慢，產量低。
二、出菇要先“育”后“蹲”
“育”指香菇的育蕾。該階段的主要管理任務是割膜和疏蕾。菇蕾現出后僅僅是一個個灰褐色的小“肉疙瘩”，還沒有分化，也沒有觸及塑料薄膜，此時應及時進行割膜處理。方法：使用鋒利的刀片，環繞菇蕾將塑料薄膜切割成“活動門扇”的樣子，既不妨礙菇蕾從中鉆出，又可防止過大的氣流進入，以避免培養料的水分過多流失。注意不可待菇蕾觸及或頂到塑料薄膜后再割膜，否則，將會產生畸形菇。在割膜時或在幼蕾鉆出后，發現有叢生菇蕾（2～3個或更多的菇蕾擠在一起）時，即應進行疏蕾處理，用刀尖將邊緣的菇蕾切去，如果操作不方便，也可以只將其上半部分（大約是菌蓋部位）削去，保留一個形態圓整的菇蕾即可。
“蹲”，指香菇的蹲蕾，目的是培育個大、肉厚的菇蕾。蹲蕾方法很簡單，就是降溫。幼菇蕾喜歡在15～22℃的溫度下生長，在14℃的溫度下長速明顯減緩，如有條件，降溫至12℃，甚至8℃，可達到蹲蕾的目的。如果配合短時的直射光和較低的空氣濕度，將會有助于蹲蕾。一般15℃左右的溫度持續7天左右，即可達到蹲蕾的目的。
三、采收后補水追肥
香菇采收后，必須進行適當的補水追肥，才可促進下一茬菇的生長。補水方法：用直徑2厘米的塑料管沿畦向安裝，菇畦中間設總水管，總水管上分支出小水管，小水管長度在50厘米左右，上面安裝12號針頭控制水流。由總水管提供水源，另一端密封。裝水容器高于菌袋2米左右，使水流有一定的落差，在注水時菌袋中心用直徑6毫米的鐵棒插孔1個，孔深約菌袋長度的3/4，不能插到底，以免注入的水流失。由于流量受到針頭的控制，使注入的水，菌袋既能吸收又不致于溢出即可。每個菌袋一般15分鐘就能補水完畢。
補水后蓋上薄膜，控制溫度在20～22℃發菌，每天換氣1～2次，每次1小時，注水給菌袋提供了充足的水分，并同時增加了干濕差和溫度差，6天后便開始出現菇蕾，且子實體分布均勻。追肥可結合補水同時進行，應選擇水溶性的肥料。
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