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在生產實踐中，由于播種季節不同，轉色場地的氣候條件特別是溫度條件不同，轉色的快慢不大一樣，具體操作要根據菌柱表面菌絲生長情況靈活掌握。轉色過程中常見的不正常現象及處理辦法：
①轉色太淺或一直不轉色：如果脫袋時菌柱受陽光照射或干風吹襲，造成菌柱表面偏干，可向菌柱噴水，恢復菌柱表面的潮濕度，蓋好罩膜，減少通風次數和縮短通風時間，可每天通風1～2次，每次通風10～20分鐘。如果空間空氣相對濕度太低或者溫度低于12℃，或高于28℃時，就要及時采取增濕和控溫措施，盡量使畦內濕度在85%～90%，溫度掌握在15～25℃。
②菌柱表面菌絲一直生長旺盛，長達2毫米時也不倒伏、轉色：造成這種現象的原因是缺氧，溫度雖適宜，但濕度偏大，或者培養料含氮量過高等。這就需要延長通風時間，并讓光線照射到菌柱上，加大菌柱表面的干濕差，迫使菌絲倒伏。如仍沒有效果，還可用3%的石灰水噴灑菌柱，并晾至菌柱表面不粘滑時再蓋膜，恢復正常管理。
③菌絲體脫水，手摸菌柱表面有刺感：可用噴水的方法提高空氣相對濕度及菌柱表面的潮濕度，使罩膜內空氣相對濕度保持在85%～90%。
④脫袋后兩天左右，菌柱表面瘤狀的菌絲體產生氣泡膨脹，局部片狀脫落，或部分脫離菌柱形成懸掛狀：出現這種現象的主要原因是脫袋時受到外力損傷或高溫(28℃)的影響，也可能是因為脫袋早、菌齡不足、菌絲尚未成熟，適應不了變化的環境造成。解決辦法是嚴格地把溫度控制在15～25℃，空氣相對濕度85%～90%，促其菌柱表面重新長出新的菌絲，再促其轉色。
⑤發現菌柱出現雜菌污染時，可用Ⅱ型克霉靈1∶500倍液噴灑菌柱，每天1次，連噴3天。每次噴完后，稍晾再罩膜。
2、不脫袋轉色法：除了脫袋轉色，生產上有的采用針刺微孔通氣轉色法，待轉色后脫袋出菇。還有的不脫袋，待菌袋接種穴周圍出現香菇子實體原基時，用刀割破原基周圍的塑料袋露出原基，進行出菇管理(河南泌陽香菇栽培模式)。出完第一潮菇后，整個菌袋轉色結束，再脫袋泡水出第二潮菇。這些轉色方法簡單，保濕好，在高溫季節采用此法轉色可減少雜菌污染。