從羊肚菌針狀原基形成到采收，一般需要20～25天。科學的出菇管理是獲得優質、高產的保證，此階段 “精細化”管理尤為關鍵。針對出菇階段管理，現提出以下建議，供參考。
羊肚菌出菇階段管理以溫、濕、光、氣四大環境要素為核心，四大環境要素既相互促進，又相互制約，在實際生產中要根據天氣、棚室性能、生長發育時期等實際情況，盡量達到四大要素的和諧統一，保證羊肚菌子囊果的正常發育。
1. 溫度管理：“防低溫，忌高溫”
地溫宜控制在12～16℃，氣溫宜控制在10～18℃，適宜范圍內溫度寧低勿高，低溫條件下羊肚菌菇體肉質肥厚、韌性好；最低地溫和氣溫均不得低于6℃，否則幼菇（<3厘米）易發生凍害，菌柄呈水浸狀，后逐漸變紅死亡，大菇雖不易凍死，但菌柄會變灰色或紅色，導致品質下降；氣溫最好不超過20℃，切勿超過25℃，超過25℃易大面積發生白霉病。溫度調控可通過揭蓋保溫被和通風的方式來調節。
2. 濕度管理：“少量多次，小水勤噴，不打關門水”
出菇期土壤濕度以保持畦面濕潤為宜，空氣相對濕度以 85％左右為宜。畦床表面發干時，應視天氣情況、發育時期等具體情況確定澆水方案。以采用微噴的方式澆水為宜，地噴帶澆水易濺起泥水污染菇體，故不建議使用。現正值冬季，早晚溫度偏低，宜選擇晴天的中午噴水增濕，并噴水后及時通風，即“不打關門水”。出菇階段采用少量多次的方法進行補水，以噴小水為宜，根據羊肚菌生長情況確定噴水量，掌握“菇多多噴，菇少少噴，菇大多噴，菇小少噴”的原則，噴水時間不宜超過3分鐘，嚴禁大水漫灌，以防“水菇”和細菌性病害的發生。
3. 通風管理：“設緩沖膜，通底風”
氧氣對羊肚菌子囊果的生長尤為重要，缺氧會導致菌柄較長而品質下降。出菇階段隨著子囊果的不斷長大，對氧氣的需求量也逐漸增加，需逐漸增加通風量，保持棚內空氣新鮮。羊肚菌種植棚通風方式不同于蔬菜，以通底風為宜，以便于二氧化碳能排出棚外，但為避免寒風或干熱風直吹菇體，應在溫室門口處及棚膜底部的通風口處拉1米高左右的緩沖膜。由于冬季溫度偏低，通風時間宜選擇在上午10:30至下午3:00之間進行，通風時間以2~3小時為宜，控制棚內二氧化碳濃度在2000mg/m3（2000ppm）以內。
4. 光照管理原則：“散射光普照，忌直射光”
出菇階段的光線對羊肚菌子囊果形態及菌蓋顏色影響較大，通過調節棉被的高度和遮陽網厚度，將光照強度控制在800～1500lx，出菇畦面要均勻見光，避免出現溫室中后部見光少的問題；忌陽光直射，以防菇體溫度過高而發生白霉病。
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