黑木耳在我國有9個品種,黑龍江擁有現有的全部8個品種,云南現有7個種、河南盧氏縣有一種。野生黑木耳主要分布在大小興安嶺林區、秦巴山脈 、伏牛山脈、遼寧桓仁等。湖北房縣、隨州、四川青川、云南文山、紅河、保山、德宏、麗江、大理、西雙版納、曲靖等地州市和河南省盧氏縣是中國黑木耳的生產區。
黑龍江省牡丹江地區內擁有得天獨厚的地理資源氣候優勢,著名的林海雪原雪鄉威虎山蓮花湖鏡泊湖坐落在此區域內。該地區林業資源豐富,氣溫晝夜溫差大和豐富的山泉水條件最適宜黑木耳等多種真菌類名貴食用菌的生長,產出的黑木耳品質在全國也是最佳的。
吉林省春化鎮葉赫地區多山,樹木重生,有廣袤的山林,具有優越的黑木耳種植、繁育條件。
除此以外,云貴兩廣的云嶺和橫斷山區也是重要的黑木耳產區,還有秦嶺巴山、伏牛山神農架大別山、武夷山等地也出產優質的黑木耳。