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黑木耳的段木栽培即將山上的樹木伐倒，斷成一米多長的木段。在木頭外表面打上圓洞，將木耳菌種到洞里，堵上木耳塞。放置在露天場地，自然環境下，經過數日便能生出黑木耳了，這種方式培育出的黑木耳最接近野生木耳。
代料栽培是現在黑木耳培育的主流方法。將木屑及秸稈等原料放入特制的塑料袋中，經過滅菌、接種、養菌等工序，自然放置、生長。該方法的應用，木耳產量高、質量好，減少了傳統方法對樹木的過度砍伐；也對木屑、秸稈等價值低的物料進行再利用，變廢為寶。不過培育黑木耳的原料仍需加大研發力度，以提高黑木耳的產量和質量。
據有關部門統計，近年來，我國黑木耳產量呈現快速增長，截止2014年，全國黑木耳產量為579萬噸，總體增長4%。據中國食用菌商務網市場部調查，黑木耳的消費需求也呈現逐年增長勢頭。在全國食用菌主要生產品種的排序中黑木耳位居第二，排香菇之后，成為我國食用菌主產品種。同時，伴隨著消費需求的增長，加之各地政府部門的扶持力度不斷加大，菌農生產積極性及交易額也不斷增長。黑木耳產業從新產品研發，到生產模式創新及營銷方式的改進，整個產業處于高速發展期。
產業基礎仍顯薄弱。目前大部分黑木耳產區還處于勞動密集型產業階段，生產單位是家庭，生產方式是手工，這種小規模分散生產經營，使得產業抵御風險的能力較差，影響了黑木耳產業競爭力提升。
市場監管存仍需加強。在黑木耳現有的市場流通過程中，還存在市場行為不太規范，短期行為嚴重等現象。如，黑木耳產品摻雜使假、以次充好等，干擾黑木耳市場，影響到生產主體和消費者的利益。
黑木耳產業化程度亟待提高。目前市場上黑木耳加工以烘干等粗加工為主要方式，加工鏈條較短。由于科技投入不足，黑木耳深加工滯后，缺少拳頭產品和主打品牌，低端產品同質化競爭嚴重，科技含量低，產品缺乏市場競爭力，黑木耳產業可持續發展能力較弱。產業銷售、物流運營水平也需穩步提高。
森林停伐，黑木耳產業將面臨基料供應的短缺。黑木耳是木腐菌，黑木耳基料木屑主要來自林區的木材加工及煤礦的坑道木材加工，隨著木材加工量的減少和煤礦采掘改用現代鋼架支撐，木屑的資源將越來越少，導致生產成本逐年增加。替代基料的研發及栽培模式的創新顯得非常重要。
