食用菌利用農作物秸稈為原料進行栽培，生產過程中會產生雜菌污染廢棄物，生產結束后又剩下大量栽培廢料—菌渣。這些廢料如果不及時處理，會成為污染源，造成生產環境惡性循環，導致食用菌制種和栽培失敗機率增加。特別是規?；a，不可能采用焚燒和搬離場所等消極處理方法。要使食用菌生產走上生態高效經濟循環發展道路，必須開發食用菌菌渣的綜合利用，在此基礎上形成食用菌—營養食品—大眾健康的產業鏈和農作物秸稈—菌渣飼料—飼養業—有機肥料的農業生態循環鏈，實現變害為利，變廢為寶，節本增益，促進農作物秸稈栽培食用菌產業良性循環和健康持續的發展。
(1) 菌渣生物飼料的開發利用
栽培食用菌的主要基質棉籽殼、稻麥棉油秸稈、胡桑枝、玉米芯等，含有纖維素、半纖維素和木質素等多糖，在栽培過程中被食用菌分泌的各種酶降解，菌渣中含有豐富的各種易吸收的有機物和礦物質，再經過生物發酵，粗蛋白、粗脂肪含量均比原來的基質高二倍以上，可以做成飼料、餌料或其添加劑，用于豬、牛、羊、雞、鴨、兔、魚等動物飼料，替代部分糧食，降低飼養成本。
(2) 菌渣循環利用
利用自然界中無害微生物，對食用菌栽培中的污染物進行堆制和漚制處理，使物料熟化，富集營養，成為用食用菌循環利用的優質基料。即食用菌種植后的菌渣廢料，可直接用作另一種食用菌栽培的部分原料，前茬菇的菌絲生長分泌各種酶，對基質起熟化作用，為后茬菇提供速效營養物質。
(3) 菌渣生產綠色肥料
食用菌栽培廢棄物加入無害化的添加劑，生產綠色有機肥料，用綠色肥料給農作物、果林樹木施肥，可顯著增加土壤有機質，改善土壤物理性狀，提高農作物、果林樹木的產量和品質，周而復始，轉化為循環經濟。
(4) 菌渣基質栽培
隨著設施栽培面積的不斷擴大，由于大棚內連年種植蔬菜，連作障礙（如病蟲害嚴重、土壤次生鹽漬化等）的問題越來越嚴重，傳統的無土栽培由于使用化學營養液或蛭石等基質，存在著栽培成本高，操作難度大，不易推廣等缺點。利用豐富的菌渣作為無土栽培基質生產蔬菜，既可顯著降低成本，簡化操作規程，又便于推廣，使蔬菜產量顯著提高，達到優質、安全、無公害。
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