臭氧對細菌、霉菌、病菌等微生物具有極強的殺滅力。它殺滅病毒是通地直接破壞其RNA和NDA物質業完成的；而殺來細菌、老菌類微生物的過程則是臭氧首先作用于細薄臘，繼而破壞臘內組織直至溶解死亡。臭氧在食用菌栽培中的殺菌應用如下：
1.菌菇滅菌房在50立方米-100平方米的室內，搭成多層菌菇架，做好植菇前準備工作。然后在室內較高處（離天花板20厘米-30厘米）安裝1臺壁掛式臭氧發生器，關好門、窗，開機1小時，即可達95%以上滅菌效果。
2.培養基處理，培養基按原配方要求配好，攤晾在室內擱層架上，一切準備好后，開機1小時，即可95%以上滅菌效果。臭氧是氣體具有彌撒性，可以擴散到任意角落，對任何角落進行消毒，沒有死角。
3.將接好的菌種移入菌菇房內，開機滅菌30分鐘，然后關機，每天觀察食用菌生長情況。為確保菌種生長的良好環境，每次觀察，可開機15分鐘，停機后密封，防止腐殖菌、雜菌滋生，促進食用菌健康生長。為方便操作，可將臭氧機的電源開關安裝在菌菇房門外方便使用。入室操作后即閉門開機，定時關機。
食用菌在我國被稱為農業生產的第四大產業。是繼糧食，生豬，瓜果之后又一快速發展農業品種。食用菌生產的成敗，產量高底，質量的優劣，直接取決于生產制作過程中的每個關鍵環節。
根據生產環節KPI分析，可分為六大關鍵環節。1、培養料配置 ；2、消毒環節 ；3、優質菌種選擇及接種 ；4、發菌培養 ；5、出菇棚場地建立和出菇 ；6、食用菌采收和臭氧保鮮 。
每個環節都需嚴格把關，以減少雜菌污染和病蟲鼠害，育壯菇體，增強自身抗病抵害能力，才能提高成品率，降低成本。
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