雙孢菇屬于草腐菌，中低溫性菇類。由于我國稻草、麥草十分豐富，氣候比較適合雙孢菇的生長，因此具有很大發展潛力。但隨著雙孢菇栽培規模的逐步擴大以及栽培品種的不斷增多，雙孢菇的病蟲害也日益嚴重。因此，了解和掌握雙孢菇的病蟲害防治及消毒技術，對大規模栽培尤為重要。
一、發菌期病蟲害發生原因及防治
蘑菇菌絲生長期俗稱“發菌”，此期生理病害如菌絲不定植，或定植后發菌較差；雜菌病蟲害有白色石膏霉、鬼傘等競爭性雜菌；蟲害后線蟲、螨蟲；鼠害也不能輕視。下面舉例說明：
1、菌絲不定植
在蘑菇栽培中，有時會出現播種后菌絲不能萌發或菌絲萌發后無法向下吃料，甚至萎縮死亡等現象。造成這些現象的原因很多，在實踐中要認真分析判斷，對癥下藥。
（1）發病原因：
使用劣質菌種、培養料不適及播種時溫度過高等而造成。
（2）防治辦法：
①播種時應認真排選菌種。要選用菌雷呈絨毛狀，邊緣整齊規則、菌絲潔白、健壯、無雜菌的菌種。凡是培養雷中絨毛狀菌絲已變成細線狀，呈淡黃色，以及種瓶上部菌絲干縮，下部吐黃水的菌種不能使用。
②培養料如有氨氣味，要翻料并進行大通風，如仍然除不盡氨臭，可噴灑1%～2%甲醛溶液，同時翻平，以中和料內氨氣直至培養氨醛溶液，直至培養料氨臭除方可進行播種。否則不僅菌絲不能萌發或萌發后不能定植，而且易發生鬼傘。
2、白色石膏霉
別名糞生帚霉，糞生節卵孢霉、白皮病，主要危害蘑菇菌絲。菌床一旦發生該菌污染后，在其污染范圍中培養料酸堿度大幅度下降，蘑菇的菌絲生長和子實體形成增色受抑制，對蘑菇的產量影響較大。
（1）癥狀特點。培養料進房后，若受該菌的浸染，開始在料面出現白鈀綿毛狀菌絲體，形成圓形菌落，大小不一。幾天后，綿毛狀菌落轉變成白色革質狀物，后期變成白色石膏狀的粉狀物，最后變成緋紅色粉狀顆粒（大量的分生孢狀子堆集）。此時菌落下面的培養料幾乎被該病原菌的菌絲占領，蘑菇的菌絲不能生長，被污染的培養料酸堿度急劇的下降產生酸臭味。
（2）侵染途徑。白色石膏霉平時生活在土壤中，這種霉菌能產生大量孢子，借氣流或雨水傳播，較適宜于堿性環境下生長。該菌可隨培養料或覆土進入菇體，也可隨氣流傳播進入茹棚。對養料發酵不良，含水量過高和呈堿性條件、菇棚溫度偏高等，均有利于其繁殖。來充分腐的培養料易發生此病。
（3）防治措施
①推廣二次發酵法，利用65℃的料溫殺滅白色石膏霉。
②此病菌適宜在堿性條件中生長，因此該料時石灰用量不能過多，但又不能將培養料調成酸性。
二、菇房的消毒
1、空房的消毒
每立方米用甲醛2毫升、硫磺15克、80%敵敵畏乳油5毫升，混合在鋸末中，分裝在紙袋里，置于菇房內四角與中央，密閉門窗，然后點燃、悶熏24小時。或每100平方米床面用1千克敵敵畏、2千克甲醛熏蒸24小時，再開窗換氣。如果是重茬菇房，收完菇后要及時將能拆除的床面全部拆除，然后移至室外進行徹底清洗、暴曬；如不能拆掉的，要揭開塑料薄膜暴曬數日，對墻壁用10%～20%的石灰水噴灑粉刷。使用前封好菇房，再按上述方法熏蒸消毒。
2、實房的消毒
每100平方米的床面用1千克甲醛加熱熏蒸，密閉24小時，而后打開通風口通風。
3、覆土的消毒
用5%的甲醛溶液將土粒均勻噴濕，略晾，再用80%的敵敵畏乳油500倍液噴灑，然后用薄膜密封24h。用石灰調節土粒的pH值，適宜的pH值為7.5～8.0。各通風口均用紗布罩好，以防各種害蟲飛入。
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